Музей был открыт 27 июня 2002 года в памятнике деревянного зодчества и первоначально занимал два небольших зала. Уже в 2003 году на V Всероссийком фестивале "Интермузей - 2003", получив высокую оценку, музей бересты был принят в Союз музеев России.
Фонды музея пополнялись, и в 2004 году музей открыл филиал на улице Свердлова, куда позже переехала и основная экспозиция.
За 20 лет музей, знакомящий горожан и гостей города с произведениями единственного аутентичного народного промысла Сибири, стал важным культурным центром Новосибирска. Помимо постоянной экспозиции, здесь регулярно проводятся выставки, мастер-классы, концерты.
В 2022 году произошла трагедия. 8 мая случился пожар, который был быстро потушен, но была потеряна часть работ мастера Виктора Хахалина.
Реставрация других пострадавших от пожара работ заняла почти два года.